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STR 基因座D18S535的遺傳多態性研究

作者:畢思特科技 來源:畢思特科技 瀏覽數:806 發布時間:2018/9/13 10:14:15

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STR 基因座D18S535的遺傳多態性研究 

關鍵詞   法科學   短串聯重復序列(STR)   遺傳多態性    基因頻率

     短串聯重復序列(short tandem repeat systems,STR)屬微衛星DNA。目前已發現的STR基因座大約有7000個,其中大多數具有遺傳多態性,并顯示出高度雜合性。本文應用PCR、PAGE技術對D18S535 STR基因座作了分型研究,并對北方地區漢族群體進行了遺傳學多態性調查,獲得該STR基因座的頻率分布,計算了D18S535 STR基因座的雜合度(H)、個人識別能力(Dp)、非父排除率(PE)和多態信息總量(PIC)等群體遺傳參數,為法科學親子鑒定和個人識別提供理論依據[1,2]。

1材料與方法

1.1.1樣品  北京漢族無關個體的EDTA抗凝血樣142份(本室儲備)。

1.1.2主要儀器  PE9600和9700型擴增儀(美國,PE公司),多功能電泳儀(LKB公司)。

1.1.3DNA提取  分離的白細胞,蛋白酶K消化,酚/氯仿抽提蛋白質,乙醇沉淀DNA,干燥后溶于TE溶液,-30℃保存。

1.2引物  由上海生工公司合成, 引物序列如下[2,3]: 

D18S535  A:5´-tca tgt gac aaa agc cac ac-3´

B:5´-aga cag aaa tat aga tga gaa tgc a-3´

1.3  PCR擴增

     擴增總體積20µl, 含:10×buffer2.0µl, dNTP2.0µl(2.5mmol/L),MgCl2 1.2µl(25 mmol/L),引物A、B各2.0µl(5µmol/L),Taq酶 0.2µl (含1u),模版DNA2µl(3-30ng),去離子水9.6µl。熱循環參數為:96℃2min;94℃1min,60℃1min 70℃1.5 min, 10cycles;

90℃1min, 60℃1min, 70℃1.5 min, 20cycles, 60℃45min,4℃保存。

1.4  電泳分型  聚丙烯酰胺凝膠(變性膠)垂直電泳(T=5%,C=3%),膠板大小20㎝×34㎝。載樣緩沖液為0.05%溴酚蘭-50%蔗糖緩沖液,按1:1與擴增產物混合,上樣量為3.4µl。恒電壓15V/㎝,電泳1.5h。

1.5  染色   10%乙醇固定, 0.2%硝酸銀染色20-30min, 0.28%mol/L無水碳酸鈉-0.05‰甲醛混合溶液顯色至譜帶清晰。

1.6等位基因標準物的構建  電泳分離等位基因標準參考樣品與幾個不同型PCR擴增樣品同步電泳,確定等位基因片段大小范圍,按核心序列重復次數命名[4,5],將幾個不同型樣品混合PCR擴增,擴增產物即包括所有基因,作為位點的等位基因梯階對照。

2  結果

D18S535 STR基因座電泳分型結果

Hardy-Weinberg平衡檢驗及等位基因頻率分布的統計學結果

     分型并記錄無關個體的基因型,計算基因頻率,對基因型頻率分布作Χ2檢驗,計算結果見表1。根據D18S535 STR基因座等位基因頻率分布,分別計算中國北方漢族群體各位點的雜合度(H)、個人識別幾率(Dp)、非父排除率(PE)和多態信息總量(PIC)。其結果見

3  討論

為使本實驗室和國內其他實驗室對遺傳標記分析結果的可比性和一致性,本研究采用已知DNA片段大小的分型參考樣品與不同基因擴增樣品混合物同步電泳,確定等位基因片段大小。等位基因按國際命名原則,構建了D18S535等位基因分型標準物。

D18S535 STR基因座染色體定位于第18號染色體,為四堿基重復序列(GATA)n ,多態片段大小為131~163,共調查了142個樣本,發現了27種基因型,等位基因9個,等位基因頻率最高的為*15(0.2641),最低的為*9(0.0035)。該基因座的H值為:0.887、Dp值為:0.927、PE值為:0.770、 PIC值為:0.796。

本研究的目的是建立D18S535 STR基因座的檢測方法,了解北京地區漢族群體D18S535 STR基因座的遺傳多態性。D18S535基因座基因型頻率符合Hardy-Weinberg平衡定律,Dp值在0.927, 屬人類高識別能力遺傳標記系統,對于法科學的親子鑒定和個人識別是很有實用價值的。這個STR基因座分型譜帶清晰,重復性好,結果可靠,較好地節省了操作時間和實驗材料,有利于推廣和實際辦案應用。

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